引起小儿腹泻的原因主要有两方面，一是感染性因素，二是非感染性因素。感染性因素包括病毒感染、细菌感染、寄生虫感染。病毒感染有轮状病毒引起的小儿秋季腹泻、诺如病毒性腹泻；细菌感染有痢疾杆菌引起的细菌性痢疾、霍乱弧菌感染引起的霍乱等。另外，肠道外的细菌感染会影响肠道功能，从而引起腹泻，例如上呼吸道感染等。非感染因素包括饮食因素和气候因素，饮食因素包括进食不规律或孩子对某些食物过敏，都会造成腹泻。另外气候过冷，会引起孩子肠蠕动加快造成腹泻；天气太热，孩子进食过多，也会出现腹泻。