射精后阴茎疼痛可以分为生理性的和病理性的，生理性的有可能是性生活时间过长造成局部痉挛造成的，病理性的有可能是外伤造成的，也有可能是泌尿生殖系统感染造成的，多见的疾病有前列腺炎、精囊炎、尿道炎、睾丸附睾炎等，如果长时间表现出此症状建议到医院查明原因以便治疗。平时要养成良好的作息习惯，防止过于频繁的性生活，防止不洁的性生活，保持阴部的清洁。