寻常疣的最佳的治疗方法，以物理治疗更为方便，正常情况下可以液氮冷冻治疗，二氧化碳激光治疗或者电灼治疗。这些方法起效比较快，而且效果比较好，损伤也不是很大。也可以外用腐蚀性的药物治疗，如五妙水仙膏，五氟尿嘧啶乳膏，需要注意防止损伤周围正常的皮肤，还有反复发作的情况，一般使用免疫调节药物，如胸腺肽或者转移因子。