孕早期胚胎发育不良的原因有很多，首先可能是由于精子或卵子质量过差造成的，还有可能是由于受精卵形成之后受到不利因素影响，因此产生的胚胎发育不良，比如受到细菌病毒感染或药物辐射的影响，都可能会产生此种问题。同时还有可能是遗传因素造成，比如染色体异常或各种疾病都可能会造成此种情况产生，也有可能是子宫内膜过薄、营养不丰富造成的症状表现，需要及时对症治疗。