同房后肚子疼有生理性和病理性两种情况。生理性的同房后肚子疼可能是由于女性同房前精神紧张、男性动作过于粗暴造成。病理性的同房后肚子疼可能是由于某些器质性病变，比如子宫腺肌症、子宫内膜异位症等；或是某些炎症，比如阴道炎、宫颈炎等。这种情况下需要及时到医院做相关检查，明确诊断。