吃饭时耳根刺痛的原因包括口腔疾病和耳鼻喉疾病。若是在咀嚼食物的时候表现出耳根刺痛的现象，多半都是口腔疾病造成的，比如说牙龈炎或者是冠周炎。这些口腔疾病会造成同侧的耳朵牵涉性疼痛或者反射性疼痛，可表现为刺痛。若是在吞咽食物的时候表现出疼痛，应考虑是咽部粘膜炎症导致的，比如说急性化脓性扁桃体炎或者是咽喉部黏膜溃疡。