原发性非典型肺炎的病原体主要是支原体，衣原体病菌。这些病原体广泛的存在于自然界或者是一些环境比较差的角落里，当人体的免疫力下降时，或者是食用了一些腐烂的食物后，这些病菌就会经过呼吸道或者是亲密接触等途径进入人体，并在病人的肺部进行大量的繁殖生长，破坏肺部正常的组织细胞功能，影响肺部的正常气体交换和液体交换，因此造成肺炎表现出。