对于功能性胃肠病，一般遵循综合治疗和个体化治疗的原则。常用的药物有：1、抑制胃酸分泌药，一般适用于上腹部痛，上腹部灼热感的病人；2、促胃肠动力药，餐后饱胀或是早饱感的病人；3、助消化药，消化酶制剂等。4、抗抑郁药。