功能性消化不良的医嘱处理方面，主要是对症治疗，还要遵循个体化治疗的原则，根据患者不同的，特点进行心理治疗。如果伴有明显失眠、焦虑、可适当予以镇静药对症处理。也要建立良好的生活习惯，避免吸烟、喝酒，避免滥用某些药物，尤其是非甾体抗炎药。药物治疗方面，可以应用抑制胃酸分泌的药物，能够缓解腹痛，上腹灼热感，还可以应用促胃肠动力药，比如多潘立酮、莫沙必利、胃复安等，能缓解餐后饱胀感，也可以应用一些助消化药来进行调理。