进行先天性肛门闭锁手术后可能会有后遗症，例如以下几种：一、肛门失禁，患者可能腹泻时有肛周污粪、排便不能控制等表现；二、肛门狭窄，若是术后直肠回缩、肛门瘢痕愈合，但是未及时扩肛，可能会导致肛门狭窄，甚至继发巨结肠；三、瘘管复发，若是原有瘘管缝合不佳或是术后缝合部位感染、缝线脱落，都可能导致瘘管复发；四、黏膜脱垂，如果会阴切口过大、肛门无法完全闭合，都可能导致黏膜脱垂。