先心病确切的致病因素还不很清楚，但专家普遍认为，母亲怀孕期间，尤其是怀孕头三个月内暴露于一些不良因素和先心病的发病有密切关系，这些不良因素包括：病毒感染、接触放射线、抽烟、酗酒、服用某些药物，如：安眠药、抗癌药和治疗糖尿病的药物。