一般身体健康者进行无痛肠镜检查时并不会对身体造成伤害，仅可在检查后有轻微的不适感。目前无痛肠镜主要用于在各项检测无法明确内部病变类型或发展进程时直接检查内部组织形态，而检查前一般使用局麻药物进行麻醉，故检查时并无不适感，但检查后随药效消退或可出现一定的不适感。而若患者自身存在胃肠道黏膜溃疡、肠道狭窄、肛门紧窄等情况或医师有操作不当情形，则有可能在检查中因器械刺激等形成损伤，但一般发生概率较小，且多数情况下均会预先告知不宜检查情况。