治疗肛瘘目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能根治肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能彻底治愈，肛瘘手术对肛部本身是一种创伤，手术破坏了皮肤组织的完整性。用硝矾洗剂熏洗肛门周围，并控制排便次数，1次/天为宜，保持大便成形，质软。

进食选易消化、无刺激性的食物，勿久坐，以免影响血液循环。做过肛瘘切开术后，创面需要时间愈合，术后主要保持肛周清洁。每天用高锰酸钾液坐浴，大便后加一次坐浴，现术后四天了，可以不需局部换药。再怎么禁口解出来的还是大便，最脏的。只要便后清洁肛门，坐浴。其它的只要调节好自己的心态就可以了。