心理咨询师证书的发放机构主要是由国家认可的专业认证机构或政府部门来执行的，在中国，心理咨询师职业资格认证主要由中国心理卫生协会和人力资源和社会保障部共同管理。

中国心理卫生协会是经中华人民共和国卫生部和民政部批准成立的全国性、专业性和非营利性的社会团体，其在心理健康领域具有权威性，负责心理咨询师的职业标准制定、教材编写、培训课程设计以及考试组织等工作，通过他们的系统培训并考核合格后，会颁发相应的心理咨询师资格证书。

人力资源和社会保障部则是中国政府主管劳动就业、社会保障等工作的部门，他们负责对各类职业资格进行政策指导和监督管理，确保职业资格认证的公正、公平与公开，在心理咨询师这个职业上，他们会审核并承认由中国心理卫生协会颁发的证书，并将这些持证人员纳入国家职业资格目录中，给予相应的社会地位和法律保护。

心理咨询师证书是由中国心理卫生协会进行具体操作和实施，而其合法性与权威性则得到了国家人力资源和社会保障部的背书和支持，这双重保障机制，使得获得该证书的心理咨询师能在行业内得到广泛的认可和尊重，这也是为了保证公众接受到专业、规范的心理咨询服务，维护消费者权益的重要举措。