健康营养师证书是中国国内在健康管理领域的重要资格认证之一，关于这个证书是由哪个部门颁发的问题，需要进行详细的解释。

中国的健康营养师职业资格认证并不是由单一的政府部门直接发放的，在中国，人力资源和社会保障部（简称“人社部”）是负责制定和调整国家职业分类目录、职业技能标准等工作的主要机构，但具体的职业技能鉴定工作，一般是由各地的人力资源和社会保障局或者授权的相关培训机构执行的。

健康营养师的职业技能培训与鉴定，通常会涉及到多个环节，包括理论学习、实操训练以及最后的考核，这些活动可能由人社部认可的职业技能鉴定指导中心或相关行业协会组织，虽然健康营养师证书的最终认定可能包含人社部的认可，但具体的发放环节可能会通过上述提到的其他途径完成。

值得注意的是，随着我国职业资格改革的深入，部分职业资格证书已经不再实行政府主导的鉴定模式，转为行业自律和社会化评价，对于健康营养师证书的具体颁发机构，建议咨询最新政策或者相关部门，以获取最准确的信息。

健康营养师证书的颁发是一个相对复杂的过程，涉及到了国家政策、行业规范以及地方执行等多个层面，无论其具体由哪个机构颁发，重要的是该证书能反映持证人的专业能力和技术水平，并能在实际工作中得到行业的广泛认同。