在探讨“中医针灸师证哪个部门颁发的正规证书更好”这一问题时，我们首先要明确的是，中国的中医药行业管理主要由国家卫生健康委员会和国家中医药管理局负责，这两个部门及其授权机构颁发的证书具有权威性和合法性。

国家卫生健康委员会是负责全国医疗卫生工作的最高行政管理部门，其下设的中国针灸学会等专业机构会组织相关的资格认证考试，颁发的证书代表了专业技能的认可，而国家中医药管理局则是专门负责推动和发展中医药事业的部门，其颁发的中医执业医师资格证书或中医类别医师资格证书，是对中医从业者临床实践能力的重要证明。

除此之外，各地的省级卫生行政部门和中医药管理部门也会根据实际需要进行相应的资格认定和证书发放，广东省中医药局、上海市卫生健康委员会等，这些地方性证书虽然地域性强，但在当地同样具有很高的认可度。

无论是国家级还是地方级的证书，其含金量都与发证机构的专业性、权威性以及当地的政策法规紧密相关，选择哪个部门的证书，应考虑个人的职业规划、工作地区等因素，持续学习和提升专业技能，保持对最新医学知识和技术的掌握，也是确保自身竞争力的关键，毕竟，证书只是能力的一种体现，真正的价值在于个人的实际操作能力和医术水平。