中医理疗师的资格认证是由中国政府相关部门进行颁发的，具体来说，这个证书的发证单位主要由中国国家卫生健康委员会及其下属的职业技能鉴定指导中心负责，各地的地方卫生健康部门和职业技能鉴定机构也会参与其中，尤其是在实际的考试、培训以及证书发放环节。

国家卫生健康委员会是中国最高级别的卫生行政管理机构，它承担着制定全国卫生政策、规范医疗服务行为、保障人民健康等重要职责，其下的职业技能鉴定指导中心则是专门负责各类医疗相关职业资格证书的考核与颁发工作，包括中医理疗师。

一些具有权威性和专业性的行业协会，如中国中医药研究促进会、中国针灸学会等，也会在官方指导下，进行相关的技能培训和资格认证，他们的证书虽然不是法定的执业资格，但在行业内也有很高的认可度。

获取中医理疗师证书的过程通常包括理论学习、实践操作、并通过统一的技能鉴定考试，这个过程旨在确保每一位持证者都具备扎实的中医理论知识，熟练的操作技巧，以及良好的职业道德，以提供高质量的中医理疗服务。

中医理疗师证的发证单位是一个由政府主导，行业组织协同的工作体系，其目的是为了保证中医理疗行业的专业性、规范性和安全性，同时也是对从业者专业能力的一种权威认定。