黄连素最好是在饭后吃，一般大多数的药物都是在饭后吃治疗胃病的药，有的建议是在饭前吃，还有的是医生特意嘱咐需饭前吃的药除外，没有注明的都是要饭后吃，因为空腹吃药对胃的刺激是比较大的，饭后吃可以减少对胃的刺激。