黄连上清丸和阿莫西林这两种药物是可以同时进行服用的，因为黄连上清丸属于中成药，成分比较明确，可以清热通便，散风去痛，头昏脑胀，牙龈肿痛，咽喉肿痛，小便赤黄，大便干结等表现，均可以服用吃药，若还伴随感染症状，呼吸道感染等表现，也表现为发热咳嗽。可谈，也可以选择抗菌素等药物进行治疗，阿莫西林头孢类同时服用不会有明显的不良反应，如果产生不良的反应，一般的情况下是各自的药物起了一些反应，对身体并无大碍。