造成黄体酮偏低的原因分为多种，主要是体内的黄体分泌不足，造成黄体酮的数值偏低。由于黄体过早的衰退，子宫内膜分泌不足，会造成黄体酮数值偏低。或者平时过度的减肥，营养不良，造成食物内的营养成分不能被充分的吸收，会造成黄体酮的数值偏低。卵泡发育不良或者是分化不好，会造成黄体功能受限，会造成黄体功能不足。或者是促黄体排卵分泌量不足，也会造成黄体功能分泌不足。如果体内的雄性激素水平偏高或者垂体泌乳素升高，也会造成黄体酮偏低的现象。