补中益气丸的主要作用是补中益气，用于治疗脾胃虚弱造成的腹泻、少食少胀、精神疲劳等，也可用于治疗中气泻造成的胃下垂、肛门脱垂等疾病。还可和金匮肾气丸合用，治疗脾肾阳虚证。但是，由于处方以滋补为主，容易造成火灾，一些有火灾体质的人或高血压人群在使用时需要小心。