对于色素沉着绒毛结节性滑膜炎的治疗主要以手术切除为主，应彻底切除病变关节滑膜，刮除骨病灶，并可进行骨移植，但是术后关节活动多数会受到影响。另外，由于彻底切除很困难，因此复发很常见。在关节镜下滑膜切除适用于结节型或者弥漫型中不活跃的患者，而开放性滑膜切除术适用于病变活跃的弥散性患者。对于此病复发可再次手术切除，而对于无法彻底切除者可以辅助以大剂量的放疗治疗，对于骨质破坏严重者可考虑进行关节成形手术。但是，有个别的病例有可能发生恶变。