肺炎支原体不可以做核酸检测。核酸检测一般是对病毒感染进行的，比如现阶段流行的新型冠状病毒、冬春季节流行的流感病毒，而肺炎支原体不是病毒。检测肺炎支原体可以抽血做支原体抗体的检查。如果现阶段存在着肺炎支原体的感染，对于新型冠状病毒核酸的检测是没有影响的，可以正常进行。发现肺炎支原体感染后需要根据既往检查结果、临床表现选择合适的治疗方案。