肠脑轴就是肠管的中轴线，它位于食管、胃脏、小肠和结肠内层组织的鞘中，含有神经细胞、神经传递质、蛋白质和复杂的环行线路。如果把肠管想象成圆柱形，那肠脑轴就是圆柱中心的那条线，方向和肠管行进的方向一致，肠伤寒溃疡呈椭圆形，溃疡的长轴和肠轴平行；肠结核溃疡由于是围绕一整圈肠壁的环形，因此和肠轴垂直，由此即可形象观察到。