肝血管瘤的确切病因未明，一般认为是先天性发育异常导致的。也有认为肝内毛细血管感染后变形，使血管形成海绵状扩张。其中，女性激素也被怀疑是血管瘤的致病病因之一。病因主要分两方面。一，基本的病因有先天性因素，先天性的血管发育异常，通常认为起源于血管内皮细胞的异常增生。二，后天性因素，主要与激素水平有关。体内雌激素，孕激素水平升高，可导致肿瘤生长，可能是女性肝血管瘤发病率较高的原因。至于其他的因素，有学者认为是肝内毛细血管感染以后变形，导致毛细血管扩张呈空泡状，其周围血管充血扩张，区域性血循环滞留，致使血管形成海绵状的扩张。诱发因素，女性青春期怀孕和避孕药，接受雌激素孕激素治疗的人群等容易发生肝血管瘤。