因为食物中的蛋白质在肠道细菌的氨基酸氧化酶作用下可以分解产氨，在正常人，肝可以将氨合成尿素，但肝性脑病病人的肝功能差，解毒作用下降，因此综上所述都会使体内氨产生增多。 据氨中毒学说，氨是诱发和加重肝性脑病的重要因素。 因此该类病人应限制蛋白入量。含蛋白质高的食物，经过肠道分解可产氨，氨作为一种毒性物质，可以干扰中枢神经系统的功能，加重肝昏迷。因此肝性脑病病人要限制蛋白质类食物，如果表现出蛋白质营养不良，可以静脉输注血浆或白蛋白。由于从肠道进入的蛋白质分解产生氨基酸，再经肠腔细菌分解形成大量氨，当结肠的pH大于6时，氨的生成多且大量吸入血液内，若病人有低钾、低氯性碱中毒，血液中的氨又大量经过血一脑屏障扩散至脑内，则会造成血氨及其他有毒物质，如短链脂肪酸、色氨酸、硫醇、甲硫（蛋）氨酸、苯丙氨酸的增高，可造成中枢神经系统中毒，表现出肝性脑病。