肝囊肿正常没有明显的症状，在查体的时候发现肝脏囊性占位，比较大的肝囊肿会由于挤压周围的器官，或者牵拉肝脏包膜而表现出腹胀。少数的肝囊肿是由于囊肿壁出血而表现出腹痛症状，有的会合并感染而类似于表现出肝脓肿的表现，主要症状包括疼痛、寒战、发热、肝功能异常，甚至有的会表现出黄疸。有一种肝囊肿属于常染色体显性疾病即多囊肝，肝脏布满，大小不等，成千上百大大小小的水泡样囊肿，这种多囊肝往往肝脏体积明显增大，患者表现出严重的腹胀，部分由于合并肝功能不全而表现出黄疸、腹水。