肝囊肿分为单纯性的肝囊肿，此外有多囊肝，肝包虫囊肿。单纯的肝囊肿多半为先天性的，也可见于退行性病变。先天性肝囊肿病因不明，获得性肝囊肿则有明确的病因，若是炎症，创伤，肿瘤等。多囊肝是一种遗传学疾病，多半伴随多囊肾，多囊胰腺，形成的机制尚不完全清楚，一种认为由于异常的胆管被保留下来，然后和胆道系统脱离，逐渐扩张，形成囊肿。一种是认为胆道的纤毛缺陷，造成胆道细胞过度增殖，形成囊肿。肝包虫囊肿则是由犬绦虫寄生在人体导致的的一种人兽共患的寄生虫病造成的。