肝内胆管结石有的患者没有特殊的症状，有的仅有上腹还有胸背部胀痛不适，症状不是特别的厉害。很多病人是因为体检或者行腹部彩超时偶然发现，肝内胆管结石比较典型的临床表现就是急性胆管炎所引起的寒战，高热，还有腹部疼痛。有时会伴有急性梗阻性化脓性的胆管炎，感染比较重时会导致全身脓毒症或者感染性休克。肝内胆管结石有时会导致反复的胆管炎，引起肝脓肿，如果脓肿比较大还可以穿破肺形成胆管支气管瘘。长期的胆管结石导致梗阻还有可能导致肝硬化，黄疸。