肛门里面疼的原因主要有以下几个。第一，黏膜下的脓肿，肛周脓肿其实它的发病范围很广泛，如果在肛门内发病，比如说黏膜下的脓肿，也属于肛周脓肿，典型症状也就是肛门内的疼痛，有时候会形成破溃甚至流脓。第二，肛窦炎，也就是肛窦部位的炎性感染，典型症状就是疼痛，有时候还是烧灼样疼痛，伴随瘙痒，夜间比较明显。第三，肛裂，特别是溃疡的位置比较靠近齿状线，一般来说在大便比较干结，排便比较困难情况下也会造成明显的肛门内疼痛，但是多数都伴随便血。