肛门如果发生囊肿，平时如果没有任何症状可以先观察为主，当发生感染或者表现出疼痛时，可以先局部的药物对症的治疗，比如使用碘伏液进行清洗和消毒，然后可以涂抹红霉素软膏或者是百多邦软膏来进行治疗。此外肛门的囊肿也要和肛周的脓肿相进行区分，肛周的脓肿是感染化脓性的疾病，需要直接经过手术治疗。如果肛门囊肿反复感染，想要彻底的治疗，还是要经过手术的方法进行治疗，当发生感染表现出脓液时，可以先进行切开引流缓解疼痛的局部症状，在肛周囊肿稳定期时直接经过手术切除然后进行缝合，这样可以达到一期的愈合。但是在手术之后也还是要注意多休息，要加强局部的换药，主要的目的就是避免发生开裂以及再次发生感染的情况。