肛瘘不能自愈，需手术才能痊愈。不手术治疗的效果不稳定，如过食用辛辣刺激性食物，或受凉腹泻，或劳作太过等，局部的炎症就能复发，还可以感染化脓。对于肛门炎症性的疾病来说，肛瘘的治疗方法多种多样，但是到现阶段为止，从治疗效果和远期的效果来看，只有手术处理才能达到根治痊愈的理想目的。肛瘘的形成得从肛周脓肿开始，继发性形成肛瘘，术前能够认真区别肛瘘的性质，对于手术处理特别重要。手术时要找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是治疗肛瘘的关键因素。