肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，造成肛腺炎，造成肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可造成肛门周围脓肿。肛裂：肛裂反复感染，可造成皮下瘘，也可造成肛腺炎。