肌束颤动主要是给予病因治疗，比如焦虑状态造成的肌束颤动需给予抗焦虑治疗。运动神经元病造成的肌束颤动主要是给予维生素B1、维生素B12以及康复治疗。甲状腺功能亢进造成的肌束颤动应给予甲巯咪唑等治疗甲亢的药物，有机磷中毒造成的肌束颤动则应给予阿托品解毒治疗。肌束颤动分为生理性和病理性，焦虑抑郁等躯体化障碍可造成生理性的肌束颤动，经过调节情绪、抗焦虑抑郁治疗后症状可改善。而病理性的肌束颤动是下运动神经元损害的表现，多见于肌萎缩侧索硬化症，这类疾病只能给予对症治疗，预后较差。