耶氏肺孢子菌是一种微生物的现用名称，该微生物曾在不同时期被分类为细菌、原虫及真菌。根据DNA分析显示该微生物最接近于真菌家族，因此最新分类将其分入真菌类微生物。早先命名为卡氏肺囊虫，这种微生物在免疫抑制的患者中引起潜在的威胁患者生命的严重感染。