结膜炎通常单眼发病，但是随后很容易传染到另一只眼睛。一旦发生结膜炎传染至另一只眼睛，则需要在两只眼睛都频繁的点抗生素滴眼液来控制感染。例如对于细菌感染引起的结膜炎，可以选择盐酸左氧氟沙星滴眼液。对于病毒感染造成的结膜炎，则可以选择干扰素滴眼液。而衣原体感染引起的结膜炎，使用利福平滴眼液治疗效果比较好。在结膜炎传染至另一只眼睛之前，可以通过洗脸时先洗健侧，再洗患侧，从而避免两只眼睛之间发生交叉污染，尽量避免传染至另一只眼睛。