红霉素肠溶液的副作用最多见的是胃肠道症状，可表现出腹痛，腹泻，腹胀，烧心，反酸，恶心，呕吐，食欲不振等，也可能会造成神经方面的不舒服的表现，如头晕，头痛，眩晕。还有可能表现出过敏反应，表现为局部皮肤发红，瘙痒，皮疹，荨麻疹一样的改变；还可能会造成血小板减少，白细胞减少，中性粒细胞减少等。个别病人还有可能表现出电解质异常，钾离子升高，但都比较罕见。