精子质量差怀孕后畸形的几率是特别少的。精子的质量差正常就是指男性有少精症或者是弱精症以及畸形的精子，这种情况正常说明活性精子的含量特别少，怀孕的几率比较低。如果在怀孕后表现出了畸形的现象，大多是因为染色体异常或者是受到了外界刺激，需要到医院来做详细的检查明确胎儿畸形的原因。