社区获得性肺炎的病原菌主要包括细菌、病毒、支原体、衣原体四大类。临床多见的社会获得性肺炎的细菌主要为革兰阳性菌导致的，其中以肺炎链球菌最为多见，占临床的40%到60%。此外还有结核分歧杆菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌等。病毒有甲、乙型流感病毒，1、2、3类型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒等。其他微生物有肺炎支原体、肺炎衣原体等。