甲硝唑对于牙龈炎及牙周炎造成的口臭有治疗效果，但其只起到辅助作用，仅靠口服甲硝唑是消除不了口臭的。发生在消化道的疾病都可能造成口臭，其中最多见的就是牙龈炎及牙周炎，有时牙齿重度龋坏嵌塞食物也可造成口臭。牙龈炎及牙周炎需行全口洁治及龈下刮治。牙齿龋坏则需行充填治疗解除嵌塞因素。若口腔内牙齿及牙周无明显病症，则需进一步检查胃肠道。