造成生化妊娠的一个最为多见的原因，就是胚胎染色体异常。生化妊娠又叫隐性流产，一般是发生在月经之前。造成这种生化妊娠的原因，胚胎染色体异常大概占到50%-60%，这也算是自然界一个优胜劣汰的结果。如果孕妇有一些全身性的疾病，比如有严重感染、严重贫血、有慢性消耗性疾病、肝肾功能异常等，也有可能会造成生化妊娠。生殖器官发育异常内分泌紊乱，或者是免疫功能异常等，也有可能会造成流产。