牙齿第二次封药后更疼的原因为：1、在进行根管预备时，根管锉不慎破坏根管狭窄区，造成大量血液渗出。在密闭管腔封药后，根管内渗出物急剧增多，可造成压力上升，表现出胀疼。2、根管内的消毒药物，如樟脑酚或甲醛甲酚用量过多时，能穿出根尖孔、刺激根尖周软组织而造成表现出疼痛。3、存在遗漏根管时，残余的牙髓纤维会对根管内的药物产生敏感，造成明显疼痛。