牙齿根部发黑有可能是牙结石造成的，也有可能是牙龈炎或者牙周炎造成的，并且也不能排除色素沉着的原因。如果有表现出牙痛的情况，最好及时到医院口腔科进行相关检查，找出造成的原因，然后听从医生指导采取相对应的措施进行治疗。同时在治疗期间也要注意口腔清洁卫生，尽量做到早晚刷牙，并且饭后漱口。此外也不宜抽烟饮酒。