牙齿根部发黑可能是牙齿龋坏造成的，细菌感染造成牙体硬组织脱矿，外观呈现出黑色表现，这种情况需要进行牙齿的充填治疗。也可能是由于牙齿根部有牙石，软垢或者是牙菌斑刺激形成的，需要进行牙齿的洁治。或者是牙齿的外源性着色，喜欢吃深颜色的食物，比如巧克力、奥利奥等，或者是喜欢喝浓茶，咖啡都会造成牙齿颜色的改变。