溶栓治疗可以迅速缓解部分或全部肺动脉分支内的血栓，恢复肺组织再灌注，减少肺动脉阻力，降低肺动脉压，改善右室功能，减少严重肺血栓栓塞症患者的死亡率和复发率，因而是治疗严重肺血栓栓塞症最重要的方法。如果溶栓治疗使用得当，可以迅速缓解患者症状，挽救生命，溶栓治疗肺栓塞常用的药物有：比方说有尿激酶（UK）、链激酶（SK）和重组组织型纤溶酶原激活物就是rt-PA，当使用尿激酶、链激酶溶栓时，不强调同时使用肝素治疗，但以rt-PA溶栓时，则必须同时应用肝素治疗。