法洛四联症因为会产生紫绀的临床症状，因此会并发一些紫绀型的心血管疾病，比如先天性紫绀四联症、肺动脉高压性右至左分流综合症、肺动静脉瘘等。还有可能会因为室间隔的缺损而造成心力衰竭和休克。此外法洛四联症会造成血液在身体某些部位停留时间过长，氧被多量地消耗，因此会造成局部血液循环不畅。