绝大多数疟疾患者是可以彻底治愈的，目前临床上对于疟疾的治疗，主要包括基础治疗和抗疟原虫治疗，基础治疗主要是一般支持及对症治疗，包括发作期及退热后24小时应卧床休息，注意补充水分等。抗疟原虫治疗是疟疾治疗的核心，选药原则，根据诊断是否为恶性疟疾、血中原虫的密度大小、病情轻重、是否来自耐药流行区、当地疟原虫的耐药类型、当地药的可及性来选择药物，临床上常用的抗疟疾药物包括两大类：第一类，控制疟疾临床发作的药物，主要有青蒿素及其衍生物，如青蒿素片、双氢青蒿素片、蒿甲醚注射液、青蒿琥酯、氯喹、盐酸甲氟喹、萘啶、哌喹、奎宁、奎宁丸、长山素等等。第二类，防止疟疾传播和复发的药物，主要是磷酸伯氨喹、萘酚喹。世界卫生组织建议使用青蒿素的衍生物，与另一种有效抗菌药物的联合方案，这是目前最有效，并且可以避免疟原虫产生耐药性的方法。