药物治疗对牙龈炎牙周炎来说，是一种辅助手段，正常是在基础治疗和手术治疗后应用的。局部可以对发炎的牙龈缘和牙周袋进行冲洗，常用的冲洗药物有3%过氧化氢液、2%氯己定溶液及聚维酮碘等。彻底冲洗后，牙龈袋内可放置米诺环素软膏或甲硝唑凝胶，增强消炎作用。全口广泛发生牙龈炎牙周炎时，可应用青霉素类、头孢类、硝基咪唑类抗生素。