幽门螺杆菌感染治疗药物副作用主要根据具体药物，如胃三联药中奥美拉唑可造成恶心、腹胀、腹泻、便秘及肝肾功能损害，严重者可表现出头晕眼花、头痛、失眠等。其中两种抗生素主要造成胃肠刺激如反酸、烧心、腹胀、腹泻等表现。也可因肝、肾功能损害造成肌酐、尿素氮、胆红素等指标异常。四环素类药物中枸橼酸铋钾也可造成舌苔、大便呈黑色，有时可表现出恶心、便秘等表现，其它药物副作用和四环素相似。