月经第六天有褐色分泌物主要是因为经血没有完全干净，有少量的内膜剥落出目前阴道里，正常情况下这种情况属于正常现象；其次可能是因为白带中带血造成的；也有可能是因为卵巢功能表现出问题造成的；还有可能是因为子宫内膜表现出炎症造成的。如果阴道表现出褐色分泌物超过一周，需要尽快去医院进行相关的检查，明确具体的病因并在医生的建议下选择合适的治疗方法进行治疗，避免耽误最佳的治疗时间。